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明清时期：明初，西域在东察合台汗国统治之下。明朝初年为防范漠北的鞑靼和瓦剌势力于哈密等地区设置卫所；16世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并。15世纪后半期后，西北诸卫全部丧失，明朝最后放弃新疆，退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。元、明两代，西域各族人民为保卫和开拓祖国边疆、繁荣西域经济、发展科学文化技术，作出了卓越的贡献。17世纪，准噶尔（蒙古的一支）叛乱，并攻打外蒙古。1697年，清军击败了准噶尔，控制了新疆东部。1755年，清朝攻占固勒扎；1757年，清朝彻底平定了准噶尔叛乱。乾隆皇帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。1759年，清朝又平定天山以南因准噶尔部消失而趁机坐大的回部，即伊斯兰教白山派首领大小和卓反叛，从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全伊斯兰化。之前此区域统治民族准部蒙古全民信奉藏传佛教。1762年，清朝在固勒扎设立伊犁将军，统一行使对天山南北各地的军政管辖。1771年，土尔扈特人在首领渥巴锡的带领下打败沙皇俄罗斯的阻拦从几千里外的哈萨克草原回归祖国。1755—1757年，清朝统一西北地区，解除了哈萨克汗国来自准噶尔贵族的威胁。大、中、小三个玉兹，曾先后表示归顺清朝，部分牧民迁回阿勒泰、塔城、伊犁地区放牧。清朝平定准噶尔后，要求归附的不仅仅是哈萨克和布鲁特，葱岭以西的各部落，如浩罕、今天新疆西部的巴达克山、帕米尔、布哈尔、山克、塔什干、爱乌罕（阿富汗）等纷纷表示归附。1820年到1828年，大和卓之孙张格尔在浩罕封建统治者与英国殖民者怂恿支持下，3次潜入南疆发动叛乱。
伊犁哈萨克自治州（全国唯一副省级自治州）辖2个地区；直辖2个县级市、7个县、1个自治县。州政府驻伊宁市斯大林街60号。伊宁市奎屯市，伊宁县霍城县巩留县，新源县昭苏县特克斯县，尼勒克县，察布查尔锡伯自治县
克孜勒苏柯尔克孜自治州辖1个县级市、3个县。州政府驻阿图什市帕米尔西三院。阿图什市，阿克陶县阿合奇县乌恰县
现任领导：自治区党委书记、新疆生产建设兵团党委第一书记：张春贤（中共中央委员），自治区党委副书记、自治区人民政府主席：努尔·白克力（维吾尔族）
塔城地区辖2个县级市、4个县、1个自治县。地区行署驻塔城市新华路169号。塔城市乌苏市，额敏县沙湾县托里县，裕民县，和布克赛尔蒙古自治县 |
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